La secretaria de Salud Pública es una dependencia oficial de la Alcaldía de Manizales y representa la Dirección Local del Sistema de Salud. Su misión es ejecutar y trazar políticas en salud, garantizando el acceso a los servicios de promoción, prevención, atención y rehabilitación a toda la población, con énfasis en la más pobre y vulnerable, a través de estrategias de asesoría, inspección, vigilancia y control de la salud de las comunidades, del ambiente y las instituciones.

Igualmente, debe garantizar la integración armónica de los diferentes actores del sistema e impulsar la realización de acciones intersectoriales mediante esfuerzos organizados de las instituciones, la familia, la comunidad y el individuo, para el mantenimiento de la salud y el desarrollo de sus potencialidades de tal forma que conlleven a hacer de Manizales un municipio saludable.